Lors de son 60ème congrès, la FCPE s'est élevée contre l'instauration du contrat de responsabilité parentale prévu dans la loi sur l'égalité des chances. Elle estime que les parents sont traités comme des coupables alors que la fédération réclame une nouvelle fois la publication d'un décret instaurant un statut pour les parents d'élèves. Par ailleurs, elle dénonce l'inégalité au sein du système scolaire. Le président, George Dupon-Lahitte, dont le mandat se termine, a prononcé un discours très critique dénonçant le "grand fiasco d'une politique éducative élitiste, aristocratique, multipliant les gestes en faveur de l'enseignement privé et favorable à  l'exclusion".

Source
La FCPE en guerre contre les inégalités, Justine Ducharne, Le Figaro, 5 juin 2006, p. 11.